В Mикробиологичната лаборатория се извършват високоспециализирани изследвания с изолиране от различни клинични материали.
Доказват се причинители на инфекции на горни и долни дихателни пътища, раневи инфекции, половопредавани инфекции, чревни инфекции, диариен синдром, сепсис, невро и съдови инфекции, уроинфекции, кожни, зъбни и други инфекции.
В лабораторията се диагностицират и инфекции, причинени от някои трудни за култивиране микроорганизми: анаеробни бактерии, хемофилни бактерии, клостридии, микоплазми, хламидии, гъби, трихомонади, патогенни бактерии, като напр. стафилококус ауреус в носа, стрептокок гр.А в гърлото.
Диагностиката на Helicobacter pylori, причинител на гастрити, язвена болест и карцином на стомаха се осъществява с фекален тест за доказване на Helicobacter pylori антиген.
Използват се класически методи за изолиране и доказване на бактериите чрез посявка, култивиране, микроскопиране и др.
Във връзка със санитарно – микробиологичния контрол на ВБИ се изследват и материали от болнична среда, медицински персонал, апаратура, инструментариум и средства за дезинфекция.
Лабораторията има задължително участие в Националната система за външна оценка на качеството.